Ya estamos en el camino de convertirnos en unos expertos buscadores de sistemas CRISPR en los genomas de bacterias… ¿O no?
Caras sonrientes de alumnos y algún padre (Pedro y Raúl) tras la dura sesión del pasado Jueves.
Parece fácil, una vez lo conoces, parece evidente… Pero, no hay que olvidar que lo que hicimos el pasado Jueves en una sesión de unas 3 h les llevo a los investigadores casi 10 años caer en la cuenta de lo que estaban analizando (os animo a que le echéis un vistazo a este artículo subido en recursos: Mojica FJ, Rodriguez-Valera F. The discovery of CRISPR in archaea and bacteria. FEBS J. 2016 Sep; 283(17):3162-9); (Ver imagen 2). Seamos conscientes de ello.
Qué fue lo que hicimos exactamente:
Lo primero fue recordar y ya centrarnos en los objetivos de nuestro proyecto (ver presentación 2º dia en recursos) que aunque se parece mucho a la del primer día, ya nos focalizamos en el manejo de nuestro programa que nos va a acompañar a lo largo de todo nuestro proyecto: el clone manager.
Tres de vosotros ya los tenéis en vuestros portátiles y estáis encargados de pasarlo a los demás que no pudieron asistir así como de reuniros con ellos y realizar los ejercicios que se irán proponiendo desde este blog. Deberíamos de ser capaces de transmitirles todo lo que aprendimos y se debatió el pasado Jueves. Seguro que podemos!!!
Todos tenéis en vuestros portátiles una carpeta que se llamaba Copiar 1 (que contiene la carpeta clonemanager8 para instalar el programa, que simplemente hay que abrir el ejecutable: CmSuite8.exe en el que aparecerá la imagen de trabajo del programa:
A partir de ahí deberemos de practicar las distintas funciones que ejecutamos…
Para manejar el programa habrá que darle un click a “close”. Y darle a abrir Inicialmente sobre la carpeta Problema 1. Abriendo la secuencia que pone primera: 16SrRNA-1 (una secuencia de nucleótidos que nos servirá de ejemplo para entender cómo funciona este programa) abrir también las demás carpetas, A, B, … F)
A partir de aquí os queda “recordar” muchas de las cosas que llevamos a cabo:
- Visualizar una secuencia determinada (open).
- Cambiar la visualización a doble hebra (format).
- Realizar una copia inversa (Operations: Process molecule: inverse…).
Entender la “direccionalidad” del ADN (que es el extremo 5’ y el extremo 3’). Entender que es la inversa de una cadena de DNA. Entender que, aunque solo tengamos una hebra, “siempre hay dos”.
Para ello usaremos las herramientas Align and Compare entre las secuencias de la carpeta (de la A a la F) y entenderemos sus parecidos y/o diferencias. Os animo a que las practiquéis en casa y las recordéis con vuestros compañeros que no pudieron venir.
En una próxima entrada, Cuando nos aseguremos que todos tenemos en nuestros ordenadores el programa Clone Manager, seguiremos recordando todo lo que hicimos!!!!
(Os anticipo… qué es un gen? Cómo se analiza??)
Aupa Team…. Ya estamos acercándonos a nuestro objetivo!!!!
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