Aprendiendo a identificar Sistemas CRISPR (II)

Ya hemos dado nuestros primeros pasos con el programa Clonemanager (podemos encontrar más información sobre su manejo en los tutoriales que se encuentran en la carpeta del programa: S8Guide1 y S8Guide2). Hemos entendido que la información del DNA se basa en un código de 4 letras (GATC) y que esa secuencia, tiene un gran valor identificativo. Pero …, sabemos que esa secuencia “esconde” genes. (ver las presentaciones en recursos). 

Y es que, los genes al final de cuentas son en su mayoría proteínas, esto es secuencias de aminoácidos. Además gracias al código genético universal, tener una secuencia de nucleótidos (GATC…) es equivalente a tener una secuencia de aminoácidos, o sea un gen.

El código genético Universal

Todos tenemos que tener un ruleta parecida… (La tenemos, verdad??) en la que como vemos los aminoácidos están codificados en tripletes de nucleótidos… 

Os propongo un ejercicio que no es otro que me digáis las 6 secuencias de aminoácidos codificados en estos 20 nucleótidos:

ATGTACGTAATACTGGTATA

“Un premio al que lo diga primero en comentarios (podeis consultarlo ente vosotros…)”. Y lo incluís en comentarios de este Blog!!! Mejor Hoy que mañana!!!”

Podéis hacerlo en un cuaderno usando la plantilla y ruleta. Es un buen ejercicio, pero si recordáis un poco (o consultáis con los que estuvieron), la herramienta Clonemanager os puede ayudar en la tarea. Desde varias opciones:

(i) Usando la herramienta format y cambiando la información de secuencia de manera que incluya la traducción (translate) de la secuencia de DNA…

(ii) Usando la herramienta “Process molecule” y traduciendo…

Porque el programa nos permite identificar lo que se conoce como marcos abiertos de lectura (en ingles Open Reading Frame; lo recordáis, os suena, etc….

Os recomiendo el nuevo ejercicio:

“Abrid desde el clone manager el Archivo 1-20 kb dentro de la carpeta de ejercicios:  3-ORF”.

Tenéis que entender cómo el programa ha encontrado esos Marcos Abiertos de Lectura (ORFs) mediante la herramienta ORF search:

Encontrando al menos 7 marcos abiertos de lectura que “codifican a 7 secuencias de proteína respectivas.

¿Quién me dice el número de aminoácidos de cada uno de ellas (la más grande, la más chica, … (el listado de todas ellas…)?

¡¡¡Quiero el blog lleno de dudas, comentarios, etc...!!!

Tras estos ejercicios y un poco de práctica estamos ya preparados para “enfrentarnos a la identificación de los sistemas CRISPR.

Aupa Team, estamos en la senda!!!