Experiencias con el clone manager, y con crispr-finder y con crispr-target…

¡¡¡De nuevo la sensación de estar exhaustos!!! Y es que … ¡¡¡vaya proyecto!!!.

Momentos de la mañana del pasado miércoles 29 (I)

Pasamos de la sorpresa, a la contra-sorpresa, al cansancio, al no me entero de nada, al me entero de todo… y todavía nos quedan desafíos… aunque nos hacemos mayores… ¿no?

Momentos de la mañana del pasado Miercoles 29 (II)

Si repasamos mentalmente lo que hemos hecho, no parece mucho pero si parece mucho … . Así:
(i) Gracias al clone manager:
-Ya sabemos mirar una secuencia de DNA de muchas maneras distintas:
-Desde arriba (dirección 5’ 3’).
-Desde abajo cadena complementaria (y de nuevo dirección 5’-3’).
-Encontrar las verdaderas regiones repetidas y no. Su equivalente complementario.

Imagen 2: Herramienta “invert”

-Aprehender bien lo que significa las siglas ORF. Que dan lugar a cadenas de aminoácidos que permiten una identificación precisa de lo que tenemos entre manos.

Imagen 3: Herramienta ORF search….

(ii) Que en lo que a secuencia de ADN se refiere dos cosas nos definen un locus CRISPR:
-El tándem de las secuencias repetidas (con sus spacers!!!!).
-El conjunto de genes cas asociados!!!

Imagen 4: Determinantes genéticos que nos definen un locus CRISPR

Todo ello nos lleva a unos spacers concretos que son algo así como el record de infecciones que han tenido lugar en una determinada especie de bacteria.

La identificación de los elementos CRISPR se realiza mediante:
Crispr finder en sus dos versiones. Ello nos permite dado un genoma determinado, encontrar dónde se encuentran.

Tenemos cuatro genomas a “investigar”:

Genoma 1: Lactobacillus paracasei strain LC355 (In Atlas of Oral Microbiology, 2015)

Genoma 2: Saccharolobus solfataricus strain P1 (In http://www.sulfosys.com/sulfolobus-solfataricus.html // Federal Ministry of Educational Research (Germany).

Genoma 3: Thermococcus chitonophagus (Imagen obtenida por K.O.Stetter & R.Rachel, Univ.Regensburg).

Genoma 4: Thermodesulfovibrio yellowstonii (Henry et al. 1994 Arch Microbiol. Jan;161(1):62-9).

Os animo a que buceeis por internet y busquéis aspectos de la biología de estos microorganimos. De donde se han aislado, que características tienen, etc…

Como os digo, debemos de confirmar y entender que los genomas que vamos a estudiar contienen:

Lactobacillus paracasei strain LC355. Un array sin proteínas

Saccharolobus solfataricus strain P1. 8 arrays confirmados y 5 sistemas crispr distintos

Thermococcus chitonophagus. 8 arrays y 5 sistemas crispR

Thermodesulfovibrio yellowstonii 5 arrays y 5 sistemas crispr

Inicialmente hay que subir los genomas a esta base de datos:
https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/

Para después lanzarle la pregunta de dónde están sus sistemas crispr.

Probad los distintos genomas y comentad lo que sale. Preguntaros y recordar el cómo entre vosotros y a través del Blog. Practicad con el clone manager e identificar las regiones conteniendo estos sistemas…